19 июня 1945 года, сразу после Победы в Великой Отечественной войне, был создан Московский государственный заповедник, включавший 5 участков: Приволжско-Дубненский, Глубоко-Истринский, Верхне-Москворецкий, Верхне-Клязьменский и Приокско-Террасный.

Территория Приокско-Террасного участка была выделена потому, что еще в 1861 году ботаник, профессор МГУ Николай Николаевич Кауфман обнаружил здесь уникальное сообщество южных степных растений, совершенно нехарактерных для этих мест. Оно получило название «Окская флора». Много сил для сохранения и изучения этого растительного сообщества приложил выдающийся ботаник, профессор МГУ Павел Александрович Смирнов.

3 апреля 1948 года каждый из участков Московского заповедника получил статус самостоятельного заповедника.

В 1951 году постановлением Правительства СССР две трети из существовавших тогда заповедников были закрыты. В их числе оказались и 4 заповедника, расположенные в Московской области. Приокско-Террасный государственный заповедник сохранилсятолько благодаря тому, что в 1948 году выдающимся российским ученым Михаилом Александровичем Заблоцким в нем был организован Центральный зубровый питомник для возрождения этого почти исчезнувшего вида. Таким образом, зубры спасли заповедник от закрытия.

За годы существования в Центральном зубровом питомнике родилось более 600 чистокровных зубров, значительная часть которых была расселена в равнинные и горные леса России, Украины, Белоруссии, Литвы в пределах прежнего ареала обитания этого вида. Они уже дали несколько поколений потомства в условиях естественной свободы.

В начале 1950-х годов на Центральной усадьбе заповедника было построено здание Музеяприроды заповедника, экспозицию которого создал Владимир Флегонтович Арсеньев, а позднее поддерживал и дополнял Сергей Дмитриевич Кулигин.

В 1966 году площадь заповедника была расширена на 80,9 га.

С начала 1970-х годов в заповеднике организован экологический мониторинг на экосистемном уровне. 19 февраля 1979 года заповедник получил сертификат ЮНЕСКО и статус биосферного. В июле 1983 года была открыта станция комплексного фонового мониторинга.